Józef Turek urodził się 18 września 1946 r. w Naszacowicach, w parafii św. Jakuba Apostoła w Podegrodziu, w powiecie nowosądeckim. Jego rodzice, Stanisław i Stefania z domu Kurowska, utrzymywali wielodzietną rodzinę z kilkuhektarowego gospodarstwa. Józef był ich szesnastym dzieckiem z siedemnaściorga rodzeństwa, z którego siedmioro zmarło w wieku dziecięcym. Uczył się w szkole podstawowej w Naszacowicach i Podegrodziu, następnie w Liceum Ogólnokształcącym w Nowym Sączu. Po zdaniu matury w 1964 r. wstąpił do Warmińskiego Seminarium Duchownego „Hosianum” w Olsztynie. Na drugim roku studiów został powołany do odbycia zasadniczej służby wojskowej. Po dwóch latach spędzonych w jednostkach w Kołobrzegu i Szczecinie, powrócił do seminarium, by kontynuować studia teologiczne. 20 czerwca 1971 r. w konkatedrze św. Jakuba w Olsztynie przyjął święcenia kapłańskie z rąk Biskupa Warmińskiego Józefa Drzazgi i podjął pracę duszpasterską jako wikariusz w parafii św. Józefa w Morągu.
W 1973 r. ks. J. Turek rozpoczął studia filozoficzne na Sekcji Filozofii Przyrody KUL. Po ich ukończeniu w 1977 r. podjął studia doktoranckie, zwieńczone w listopadzie 1978 obroną pracy doktorskiej pt. Kosmologia Alberta Einsteina i jej filozoficzne uwarunkowania, napisanej pod kierunkiem ks. prof. Stanisława Mazierskiego, kierownika Katedry Filozofii Przyrody Nieożywionej; jej recenzentami byli profesorowie ks. Mieczysław Lubański i ks. Michał Heller. Doktor filozofii chrześcijańskiej wrócił do diecezji warmińskiej, gdzie łączył pracę duszpasterską z wykładami z filozofii przyrody w Warmińskim Seminarium Duchownym „Hosianum” w Olsztynie. W styczniu 1980 r. wyjechał na roczne stypendium naukowe na Uniwersytet Katolicki w Louvain-la-Neuve w Belgii z zamiarem zbierania materiałów do pracy habilitacyjnej. Po powrocie prowadził wykłady z różnych działów filozofii w „Hosianum” w Olsztynie, w Instytucie Katechetycznym w Gietrzwałdzie i w Warmińskim Instytucie Teologicznym w Olsztynie.
W 1982 r. rozpoczął zajęcia zlecone z kosmologii przyrodniczej (wykład i ćwiczenia), a w roku następnym również z filozoficznych aspektów kosmologii przyrodniczej (wykład) na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, dojeżdżając z Olsztyna. W drugim semestrze roku akademickiego 1984/85 wyjechał na stypendium do Watykańskiego Obserwatorium Astronomicznego w Castel Gandolfo, gdzie kontynuował zbieranie materiałów źródłowych z zakresu historii kosmologii. W 1986 roku został zatrudniony na pełnym etacie, najpierw jako starszy asystent, a rok później jako adiunkt, w Katedrze Filozofii Przyrody Nieożywionej na Wydziale Filozofii KUL. W latach 1986-1991 prowadził wykład i ćwiczenia z kosmologii przyrodniczej, wykład z filozoficznych aspektów kosmologii przyrodniczej, proseminarium z filozofii przyrody nieożywionej, ćwiczenia z filozofii przyrody nieożywionej oraz wykład z filozofii przyrody dla studentów kursu „A” na Wydziale Teologii. Dojeżdżał przy tym do Olsztyna prowadząc wykłady w Warmińskim Seminarium Duchownym i w Warmińskim Instytucie Teologicznym. W latach 1987-1991 wykładał też filozofię przyrody w Metropolitalnym Seminarium Duchownym w Lublinie, a od 1989 również w Wyższym Seminarium Duchownym OO. Marianów w Lublinie.
W roku akademickim 1991/92 otrzymał urlop habilitacyjny, w ramach którego przebywał na dwumiesięcznym stypendium w Londynie zbierając materiały do przygotowywanej rozprawy habilitacyjnej. W 1996 r. uzyskał tytuł doktora habilitowanego w zakresie filozofii przyrodoznawstwa na podstawie monografii Wszechświat dynamiczny. Rewolucja naukowa w kosmologii. Recenzentami w przewodzie habilitacyjnym byli profesorowie: Michał Heller, Piotr Flin, Zygmunt Hajduk. W 1998 r. objął Katedrę Filozofii Kosmologii a rok później został zatrudniony na stanowisku profesora nadzwyczajnego KUL. W latach 1999-2002 i 2008-2009 był prodziekanem ds. studenckich Wydziału Filozofii.
Zasługi ks. prof. Turka doceniła Stolica Apostolska – papież Jan Paweł II odznaczył go godnością kapelana Jego Świątobliwości (11 lipca 1993), a papież Benedykt XVI nadał mu tytuł prałata honorowego (25 lipca 2008). Dnia 4 czerwca 2010 r., po rocznych zmaganiach z chorobą, zmarł w Centrum Onkologii Ziemi Lubelskiej. 8 czerwca 2010 r., po pożegnaniu przez społeczność Katolickiego Uniwersytetu Jana Pawła II w Kościele Akademickim, spoczął na cmentarzu parafialnym w Podegrodziu.